Dimanche 13/6/99 - 0h00. Mercedes s'étant retiré, la course tourne au duel entre BMW et Toyota. La lutte n'en reste pas moins acharnée.
A la tombée de la nuit, la plupart des voitures ont amélioré leurs temps : Kristensen, Boutsen et McNish se disputent le record du tour, McNish ayant fixé la barre à 3'35"591 vers 23h30. La BMW de Kristensen-Lehto-Müller contrôle la course, grâce à son excellent rapport vitesse / consommation. Au gré des ravitaillements, la Toyota de Boutsen-Kelleners-McNish s'empare brièvement du commandement avant de stopper à son tour. Les écarts varient surtout en fonction du pilotage et de l'usure des pneus, I'écart entre les deux leaders excèdant rarement la minute. A un tour, Winkelhock-Martini-Dalmas restent en embuscade devant la Toyota de Katayama-Tsuchiya-Suzuki.
Toyota n'a plus que deux voitures en course car vers 22h30, Martin Brundle est parti en tête à queue au freinage de la chicane Nissan, à la suite d'une crevaison à l'arrière droit. La Toyota a heurté le rail, Brundle essayant de rentrer au ralenti. La Toyota a roulé en crabe avec les deux pneus arrières crevés jusqu'à Arnage, où elle a fini par s'immobiliser définitivement.
L'Audi R8R de Pirro-Biela-Theys est parvenue jusqu'à la 4ème place avant de laisser repasser la Toyota N° 3. Le team Joest peut encore espérer un très bon résultat. Alors qu'elle occupait la 7ème place, la Nissan R391 s'est arrêtée à deux reprises, Erik Comas se plaignant de vibrations. On a changé les capots et Motoyama est reparti en 9ème position. Mais à 23h30, le Japonais s'arrêtait aux environs du virage Porsche, en raison d'un problème moteur. A minuit, son équipe espérait encore son retour. Les espoirs de Nissan se reportent donc sur les Courage. La N° 21 occupe une brillante 6ème place, la N° 13 ayant perdu une place suite à une purge des freins.
La Panoz N° 11 de Magnussen-O'Connell-Angelelli s'est arrêtée vers 23h en raison d'une fuite d'huile à une canalisation, plongeant dans les profondeurs du classement. La Lola de Lammers-Kox-Coronel a perdu près d'une heure à faire réparer ses échappements. Quant à la Riley & Scott d'Apicella-Rosenblad-Lewis, elle a rejoint sa soeur d'écurie sur la liste des abandons (moteur cassé). La Ferrari a également renoncé (boîte).
En GTS, les Chrysler du team Oreca tournent comme des horloges dans l'ordre de leurs numéros : 51, 52, 53, précédant la Porsche de Palmberger-Kaufmann-Ligonnet. En GT, la Porsche N° 81 domine toujours, la 80 ayant été victime d'une crevaison à l'arrière gauche.
Following the withdrawal of Mercedes the race has turned into a battle between BMW and Toyota and as night fell many cars improved their times with Kristensen, Boutsen and McNish swapping the lap record. The Kristensen-Lehto-Müller BMW kept a grip on the race thanks to its excellent fuel consumption even if the Toyota managed to take the lead briefly due to refuelling. The gap between the leaders rarely exceeded a minute. Behind ready to pounce came the Winkelhock-Dalmas-Martini BMW ahead of the Katayama-Suzuki-Tsuchiya Toyota.
Martin Brundle's spin due to a puncture and susequent retirement reduced the Toyota challenge to 2 cars. He spun, hit the guardrail and his attempts to reach the pits ended at Arnage.
The Audi R8R of Pirro-Biela-Theys got as high as 4th before being repassed by the Toyota. The Nissan R391 which was in 7th spot stopped twice as Comas was complaining of vibrations. The bonnet was changed and Motoyama set off in 9th place but engine problem stopped the Japanese in the Porsche corner at 23h30 and thus Nissan's hopes rested on no.21 in an excellent 6th place. No.13 lost a place following a brake purge.
The No.11 Panoz of Magnussen-O'Connell-Angelelli stopped at 23h00 because of an oil leak dropping right down the classification, and the Lammers-Kox-Coronel Lola lost almost an hour having its exhausts repaired. The Apicella-Rosenblad-Lewis Riley & Scott joined the list of retirements (blown engine). Also out was the Ferrari (gearbox).
In the GTS Category the Team Oreca Chryslers dominated in the order 51, 52 and 53 ahead of the Palmberger-Kaufmann-Ligonnet 911 GT2 Porsche. In LM GT still in the lead was the no.81 Porsche helped by the fact that no.80 had a puncture.
